Odpovědným orgánem – takříkajíc hlavou Česko-německého fondu budoucnosti – je správní rada (SR). Zastupuje Fond budoucnosti navenek i vůči vládám obou zemí. Její čtyři čeští a čtyři němečtí členové jsou na dobu dvou let jmenováni ministrem zahraničí příslušné země a jejich funkce je čestná. Jakožto nezávislé grémium rozhoduje SR ve vlastní zodpovědnosti. Každé čtvrtletí projednává na svém zasedání všechny žádosti o podporu projektů a rozhoduje o poskytování finančních  prostředků.

Správní rada 2018
 

Kristina Larischová
generální konzulka ČR v Mnichově

Albrecht Schläger
předseda Seliger Gemeinde, bývalý člen Bavorského zemského sněmu (SPD) a bývalý starosta města Hohenberg

Klaus Brähmig
bývalý člen Spolkového sněmu (CDU)

Petr Brod
publicista, pracoval mimo jiné pro rozhlasovou stanici Svobodná Evropa a pro Süddeutsche Zeitung

Joachim Bruss
bývalý ředitel Česko-německého fondu budoucnosti

Martin Kastler
ředitel zastoupení nadace Hannse-Seidela v ČR, spolkový předseda Ackermann-Gemeinde, bývalý poslanec Evropského parlamentu (CSU)

Jindřich Fryč
Státní tajemník, Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

Ondřej Matějka

náměstek ředitele Ústavu pro studium totalitních režimů

Správní rada - archiv