Odpovědným orgánem – takříkajíc hlavou Česko-německého fondu budoucnosti – je správní rada (SR). Zastupuje Fond budoucnosti navenek i vůči vládám obou zemí. Její čtyři čeští a čtyři němečtí členové jsou na dobu dvou let jmenováni ministrem zahraničí příslušné země a jejich funkce je čestná. Jakožto nezávislé grémium rozhoduje SR ve vlastní zodpovědnosti. Každé čtvrtletí projednává na svém zasedání všechny žádosti o podporu projektů a rozhoduje o poskytování finančních  prostředků.
 

Správní rada 2018 / 2019
 

Petr Brod
publicista, pracoval mimo jiné pro rozhlasovou stanici Svobodná Evropa a pro Süddeutsche Zeitung

Reiner Deutschmann
bývalý člen Spolkového sněmu (FDP-Sasko) a kulturně-politický mluvčí frakce FDP ve Spolkovém sněmu

Jindřich Fryč
Státní tajemník, Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

Rita Hagl-Kehl
členka Spolkového sněmu (SPD), parlamentní státní tajemnice při spolkovém ministru pro
spravedlnost a ochranu spotřebitele

Martin Kastler
ředitel zastoupení nadace Hannse-Seidela v ČR, spolkový předseda Ackermann-Gemeinde, bývalý poslanec Evropského parlamentu (CSU)

Kristina Larischová
generální konzulka ČR v Mnichově

Ondřej Matějka
náměstek ředitele Ústavu pro studium totalitních režimů

Eva van de Rakt
ředitelka, Heinrich-Böll-Stiftung Europäische Union v Bruselu (od 2004 do 2018 ředitelka kanceláře Heinrich-Böll-Stiftung v Praze)
 

Správní rada - archiv