Odpovědným orgánem – takříkajíc hlavou Česko-německého fondu budoucnosti – je správní rada (SR). Zastupuje Fond budoucnosti navenek i vůči vládám obou zemí. Její čtyři čeští a čtyři němečtí členové jsou na dobu dvou let jmenováni ministrem zahraničí příslušné země a jejich funkce je čestná. Jakožto nezávislé grémium rozhoduje SR ve vlastní zodpovědnosti. Každé čtvrtletí projednává na svém zasedání všechny žádosti o podporu projektů a rozhoduje o poskytování finančních prostředků.
Správní rada 2018
Kristina Larischová
generální konzulka ČR v Mnichově
Albrecht Schläger
předseda Seliger Gemeinde, bývalý člen Bavorského zemského sněmu (SPD) a bývalý starosta města Hohenberg
Klaus Brähmig
bývalý člen Spolkového sněmu (CDU)
Petr Brod
publicista, pracoval mimo jiné pro rozhlasovou stanici Svobodná Evropa a pro Süddeutsche Zeitung
Joachim Bruss
bývalý ředitel Česko-německého fondu budoucnosti
Martin Kastler
ředitel zastoupení nadace Hannse-Seidela v ČR, spolkový předseda Ackermann-Gemeinde, bývalý poslanec Evropského parlamentu (CSU)
Jindřich Fryč
Státní tajemník, Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
Ondřej Matějka
náměstek ředitele Ústavu pro studium totalitních režimů
Správní rada - archiv