Odpovědným orgánem – takříkajíc hlavou Česko-německého fondu budoucnosti – je správní rada (SR). Zastupuje Fond budoucnosti navenek i vůči vládám obou zemí. Její čtyři čeští a čtyři němečtí členové jsou na dobu dvou let jmenováni ministrem zahraničí příslušné země a jejich funkce je čestná. Jakožto nezávislé grémium rozhoduje SR ve vlastní zodpovědnosti. Každé čtvrtletí projednává na svém zasedání všechny žádosti o podporu projektů a rozhoduje o poskytování finančních  prostředků.

Správní rada 2016/2017
 

Kristina Larischová

ředitelka a zástupkyně náměstkyně pro řízení sekce, Ministerstvo zahraničních věcí České republiky

Albrecht Schläger
předseda Seliger Gemeinde, bývalý člen Bavorského zemského sněmu (SPD) a bývalý starosta města Hohenberg

Klaus Brähmig
člen Spolkového sněmu (CDU), předseda Skupiny vyhnanců, uprchlíků a vysídlenců frakce CDU/CSU ve Spolkovém sněmu

Petr Brod
publicista, pracoval mimo jiné pro rozhlasovou stanici Svobodná Evropa a pro Süddeutsche Zeitung

Petra Ernstberger
členka Spolkového sněmu (SPD), předsedkyně Česko-německé parlamentní skupiny

Martin Kastler
ředitel zastoupení nadace Hannse-Seidela v ČR, spolkový předseda Ackermann-Gemeinde, bývalý poslanec Evropského parlamentu (CSU)

Jana Maláčová
ředitelka odboru Koncepce rodinné politiky a politiky stárnutí, Ministerstvo práce a sociálních věcí ČR

Ondřej Matějka

náměstek ředitele Ústavu pro studium totalitních režimů

Správní rada - archiv